航港局也在午前宣布停駛7個航線，包括國內航線：蘇澳到花蓮、南竿到東引、東港到小琉球、後壁湖到蘭嶼、富岡到蘭嶼及綠島等20個班次；以及兩岸航線：北竿白沙到福州黃岐、台北到平潭共6個班次。
另外，截至13日上午11時為止，民航局統計國內航線取消2班，兩岸暨國際航線則未受影響。
由於莫蘭蒂颱風將從13日下午開始，逐漸影響東部地區及南部山區，為維護用路人安全，公路總局也將視風雨狀況，陸續發布預警性封閉路段，包含台9線南迴公路、台20線南橫公路、台23線、台24線及台29線等；另外針對台9線南迴公路金崙到香蘭路段、以及台11線東濱公路等易受風浪襲擊的路段，公路總局也將派員駐點守視、定時巡查，必要時也將實施交通管制，以維護用路人安全。
公路總局表示，最新的交通即時資訊將於「省道即時交通資訊網」(http://168.thb.gov.tw/)及「公路防救災資訊系統」（網址：http://bobe168.tw/）隨時更新；也建議民眾透過手機下載省道即時交通資訊APP查詢。
至於台鐵、高鐵未來也將在安全考量下，於風力超過10級風時停駛。
交通部提醒民眾，15日起就是一連4天的中秋連續假期，呼籲旅客隨時留意陸海空運各單位發布的停駛、復駛訊息；自行開車的民眾，也請隨時掌握即時國道資訊，遇到惡劣天候，最好開亮頭燈、保持前後安全跟車距離。