對於後續海基會業務推動部分，陸委會指出，海基會是政府唯一授權處理兩岸公權力事務之機構，將繼續負責協助處理兩岸交流、服務及協商工作。陸委會將與海基會共同努力。
陸委會也再次重申，政府將在既有歷史事實及政治基礎上，依據中華民國憲法、兩岸人民關係條例及相關法律處理兩岸事務，也呼籲中國大陸與我方務實展開溝通，在過去兩岸交流成果上，共同為兩岸人民謀福利。
陸委會表示，有關海基會董事長等人事之後續程序部分，將由本會循行政程序陳報行政院核定，並由海基會召開董監事會議，補選新任董事長；在相關人事作業完成程序後，將正式通知海協會，希望兩會後續能就雙方涉及兩岸人民福祉及雙方關切的議題務實進行溝通與互動。