衛福部疾管署為了維護愛滋人權，宣布要重罰國防大學新台幣100萬元，裁罰公文已由疾管署呈衛福部，待衛福部部長林奏延簽准。媒體報導，在林奏延與國防部長馮世寬2度熱線溝通後，開罰有轉圜跡象，這張史上最高的愛滋歧視罰單可能不罰了。
對此，衛福部公關室主任劉明勳18日表示，這項裁罰案的公文正在內部會簽，彙整意見當中，衛福部對於開罰歧視案的立場沒有改變。劉明勳：『(原音) 衛福部重申我們對於本案的立場沒有改變，但是我們也會尋求與國防部坐下來繼續溝通，希望可以獲得圓滿的解決。有關裁罰的進度目前還在我們內部會簽相關單位，彙整相關意見以後，我們再來處理。』
雖然衛福部與國防部已展開溝通，但國防部17日仍發新聞稿表示，國防大學將愛滋生「阿立」退學及追繳相關學雜費皆經司法判決，符合依法行政，媒體報導國防部立場鬆動，馮世寬允諾給「阿立」同等學歷，暫不追繳80萬元學雜費均非事實。
劉明勳指出，對「阿立」學籍等問題的處置，是國防部及國防大學的權責，衛福部尊重；衛福部是針對歧視問題做認定與裁罰。不過，他也提醒，歧視與退學其實存在「因果關係」。
劉明勳強調，根據「人類免疫缺乏病毒傳染防治及感染者權益保障條例」，衛福部對於有歧視事實者可以開罰30萬到150萬元；雖然疾管署報給衛福部是開罰100萬元，但衛福部可視情節裁量，即便是開罰150萬元也是依法辦理。