針對大巨蛋案，監察院11日通過糾正台北市政府，認為北市府沒有盡到勘驗責任，且未顧及與遠雄間的BOT夥伴關係，破壞信賴關係，以及成立不具司法調查權的廉政委員會進行調查，明顯違法。
對此，台北市政府發言人林鶴明表示，監察委員的調查報告指出，遠雄巨蛋公司身為起造人，任意修改原核准圖說，邊做邊改，引發公安疑慮，具有無可迴避的責任；報告同時認為北市府以遠雄未按圖施工而予以停工處分無違誤之處，市府均表達肯定。
對於監察院糾正的理由，林鶴明表示，市府當然重視BOT合約關係，也希望在BOT的關係下解決問題，但市府仍必須負起主管機關的責任。林鶴明：『(原音)北市府一向重視關於BOT市府所扮演的甲方的責任，但是由於市政府同時也是相關的主管機關，所以市府必須依建築法等相關法規，負起監督工地以及工程管制的責任。』
對於監委調查報告中點出雙方透過媒體放話部分，林鶴明也澄清，媒體和外界都高度重視大巨蛋案，為避免以訛傳訛或是以傳聞的方式處理問題，市府都是以正式記者會提供完整資訊，市府的網站上也設置大巨蛋案網頁。北市府的立場是希望趕快解決問題，而且能盡量面對面解決問題。
在廉政委員會的部分，林鶴明指出，市府重視並尊重監察委員的調查報告，但台北市政府組織自治條例第9條規定：「…市府為處理特定事務，得設置各項任務編組…」，因此，廉委會是依市府相關規定設立，是市府的諮詢單位，屬於行政權，調查權限與範圍也都依相關法規明定，如果調查結果有涉及司法、監察部分，政風處會把報告送司法機關或監察機關處理，不會有逾越法令的情形，市府會再向監察委員說明。