為降低對南鐵地下化沿線住戶的衝擊，市長賴清德10日表示，市府不會強拆住戶，將採取協議價購的方式，鼓勵住戶配合政策搬遷，只要願意參與協議價購者，其地上物的補償將高於法定50％額外的補償費用。
賴市長指出，內政部都市計畫委員會已通過台南市鐵路地下化的都市計劃變更案，後續行政工作，市府會竭盡所能的爭取住戶支持，並藉此一併解決百年來，平交道上發生的不幸事件。 為了要降低對沿線住戶的衝擊，賴市長指出，市府首創地方自治史，提出專案照顧方案，也就是，在新闢的火車站旁，在市政府的土地上面興建照顧住宅，並以成本價格，提供給住戶，與目前市價的差價大概在50％左右；目前該地市價大概是一坪25萬，但是市府提供的成本價是10萬5千元，值得一提的是，不是國宅，是30幾坪、40幾坪還有將近50坪的房子，而且是臺南市指標性的公司所興建的，目的就是想要降低住戶的損失。
賴市長表示，如果住戶願意搬過來住，市府將與台銀簽訂全額低利貸款，比照公教人員免頭期款，住戶若想遷居，也可以把這個房子賣掉，把這個權利賣掉，再加上其徵收得到的土地跟房子的費用，這兩筆錢可以去找他喜歡的另外一個點。關於這點，市府採取協議價購的方式，願意參與協議價購，地上物的補償方面，市府會再給他50％額外的補償費用。