行政院表示，台灣將秉持平等與尊嚴的原則，依據相關國際法與國內法，盡最大的努力落實該協定所規範的各項港口檢查措施，善盡港口國與船旗國的責任。
行政院表示，除了支持FAO港口國措施協定的各項精神與規範，並責成相關主管機關確實落實；最新修訂的「遠洋漁業條例」也納入FAO港口國措施協定的原則與精神，對非我國籍漁船進入我港口者明定規範，未來相關子法規的訂定也會納入FAO港口國措施協定的各項港口檢查措施，並遵守區域性漁業管理組織所通過的相關建決議案，以展現並落實我國預防、嚇阻及消除IUU捕魚的行動與決心。
農委會指出，PSMA意旨在調和港口管控，以防止非法捕撈的漁獲物進入國際市場，透過拒絕IUU捕魚的漁船進入港口國，將可大幅減少其漁獲物銷售機會，進而遏止全球非法漁業，為對抗IUU捕魚行為的重要工具之一。