「訊息保護（Letter Sealing）」採用點對點加密技術（End-to-End Encryption，E2EE），目前在LINE上面所有一對一的文字與位置訊息都直接在手機上加密，只有對話雙方可以為彼此的訊息加解密，第三方無法攔截或讀取。
LINE預計今年稍晚將把「訊息保護」功能擴大至群組，並建議用戶隨時將LINE更新至最新版本，才能使用到所有最新推出的功能。
LINE表示，未來將持續致力於保護用戶的隱私安全並積極強化資安的防護措施，期望能提供用戶最安全、穩定的使用經驗。
LINE於2014年7月推出「限時聊天」功能，在「限時聊天」中傳送的訊息及照片等資訊經過加密，用戶在收到並點選各筆訊息後，訊息內容只會在對方設定的時間內顯示；在設定時間過後，訊息就會被刪除，減少了隱私外流的可能性。