媒體報導，台北市聯合醫院工會籌備會成員護理師蔡旻璋指控，上班工時被壓榨苛刻，聯醫利用電腦差勤（打卡）系統作弊，要求護理師先打下班卡再回去工作，加班時數僅另外手寫紀錄。
北市聯醫下午發布新聞稿澄清，該報導轉陳情人及台北市政府勞動局回應，指聯醫要求同仁先刷退再回去工作，違反勞基法規定，被勞動局裁罰原因，是因同仁滯留在工作場所休息未即時刷退，而遭認定未發給加班費。
聯醫指出，因同仁滯留工作場所而遭裁罰，沒有要求同仁先刷退再加班情勢；且出勤紀錄無法刪修，每位同仁皆能隨時查詢自己的勤惰紀錄，更無作弊狀況。
聯醫表示，因醫院為全年無休特殊機關，各輪班單會開放同仁預約下個月班表，再經單位主管重整後在當月底上傳至差勤系統，此班表示經過同仁協調過程，並無任意變化排班型態情事。
聯醫說，且差假及加班申請皆採線上申請，同仁申請加班時可自行選擇加班費或補休。
另有關病人少強迫護理師休假回家情形，聯醫表示，已調整人力運用措施，若住院病人人數較少，會派發支援性工作。
北市聯醫為改善同仁所得及工作環境，去年6月平均調增本薪1.78%，此外，今年1月起再調增本薪1.5%，預計7月調薪3%到5%不等。