台南市長賴清德回應表示，溼地保育法為立法院立法通過，由內政部公告執行，市府並非權責機關。其次，臺南市雖非權責機關，但內政部公告範圍或管理方法如有損漁民的生活，市府絕對會跟漁民站在一起，據理力爭，立場不容質疑。第三點，目前草擬的溼地範圍，絕大多數在96年就已劃定，雖陳朝來議員指控是在他任期內公告，但那是由內政部公告，循內政部系統公告，並未假手市府，刻意將矛頭指向臺南市政府是不對的。
賴清德說，溼地法允許從來使用的範圍及從來使用的活動，換句話說，漁民在溼地原使用範圍內從事原有魚事工作，溼地法通過後也不受影響。
又說，溼地法將所有溼地範圍分為核心區域跟生態保護區，屬於嚴格管理區，但一般多數範圍，是允許自費開發使用的。換句話說，市府爭取的重大建設，包括臺61線完成之後，交通部同意跨曾文溪大橋不會因此而改變。台南大學的七股分校，除非是台南大學力有未逮，計畫如果持續，也不會因溼地而有任何的影響。
賴清德說，少數政治人物引用錯誤的訊息做動員，並將之擴大渲染，認為溼地法會帶來滅村，這是危言聳聽做法。任何政治人物，包括市府、任何民代關心漁民是應該的，但是不應該用錯誤的訊息來動員造成漁民的恐慌，尤其把矛頭對向市府。