前總統馬英九16日上午召開記者會，對於總統府拒絕他的赴港申請表示錯愕、失望與遺憾，並強調知密、涉密不等於洩密，若沒有證據顯示他會洩密，就有罪推定，將傷害台灣自由民主的形象。對此，總統府表示，本案的評估與決定，是經過專案小組依據國家機密保護法審慎研議的結果。總統府在決定後也就法制面規定、評估理由以及審核建議向社會及馬英九作出說明。對於馬英九的談話，總統府表示尊重，沒有評論。