行政院長張善政13日接受廣播媒體專訪，被問及對馬英九總統可能會圈選新任中研院長的看法。他表示，在520卸任前，總統在法律上絕對有權力可以做想做的事情，但實務上應該要和社會認知妥協，也就是和總統當選人蔡英文商量。張善政說：『(原音)有些妥協的意思是說，譬如要徵詢蔡英文準總統，蔡英文願不願意跟他碰面是另外一回事，在實務上要讓社會觀感能夠接受，一定要跟交接對口有適當互動，即便他要批，也是要取得蔡英文準總統，不敢講支持，至少是默許。』
張善政表示，馬總統曾告訴他會邀請蔡英文共商中研院人事，他也認為這樣很好，他支持馬總統的想法。張揆說：『(原音)我跟他聊這件事情，他說他要邀蔡英文準總統共商，我覺得他跟我講這事情，他是在聽我的看法，因為理論上他不必問我這個事情，聽我的看法，我覺得這樣很好，應該的，我覺得我支持他。他說你覺得我去徵詢蔡總統意見怎麼樣？我說很好、很好，就這樣。』
近來中研院內風波不斷，張善政表示從媒體上看到相關報導，對於國家最高學術研究機構出現這樣的情形，他感到非常憂心。
張善政表示，他只在總統府的科技論壇上與中研院長候選人郭位一起開會，名單中另兩位候選人廖俊智和周美吟則完全不認識。