NCC推動「災防告警細胞廣播訊息系統」，從5月起，中央氣象局偵測到規模5以上的地震，且震度達5級以上，就會將訊息傳送到國家災防中心，由災防中心告知電信業者需要告警的區域，電信業者則依指令將訊息傳送到附近基地台，讓基地台附近所有的手機用戶可以儘早掌握到訊息。
結果12日中午前發生規模5.8的地震後，「國家級警報」簡訊系統雖然立即啟動，但是只有部分民眾的手機收到警報，不少人則是完全沒動靜。對此，NCC發言人虞孝成下午表示，這是由於從中央播送到電信業者的「訊號格式」和「涵蓋範圍的指令」尚未統一，才會對電信業者的系統造成混淆，NCC將會協調中央和業者儘快整合。虞孝成說：『(原音)這個訊號的格式，從國家災害中心送到電信業者的細胞廣播控制中心，格式還是有一些需要統一的。因為上一次就發生，一來是用這個震央中心的半徑來畫一個區域，還有一個方法是，給要求要播放地區的縣市行政區域，這兩種不同涵蓋的範圍的指令，對於電信業者的系統，是會產生混淆。』
虞孝成指出，災防告警廣播系統還有相當多變數，光是訊息就有4大類，因此有些手機上次收得到911警訊，這次卻收不到國家級警報；加上各家手機款式不同、軟體是否升級、基地台覆蓋是否完整等等，都可能導致收訊不完整。此外，這次地震發生時，遠傳電信正好在做災防系統更新，也導致遠傳用戶收不到訊息。目前NCC已於官網公布可完整接收災防告警訊息的21款手機，民眾可前往NCC「災防告警服務專區」查詢。