準衛福部長林奏延對世界衛生組織(WHO)秘書處的回函與現任衛福部長蔣丙煌署名的另一封信函，這2封信同時交給WHO秘書處。
外界質疑，這形成「分別回覆、各自表述」的情形。
童振源今天受訪指出，政府方面希望有正式的回函給世界衛生組織，「但是對於我們的立場，無法充分來說明，所以後來政府方面有建議我們也提供第2份的說明」，同時附上出席名單。
對於總統馬英九昨天說，有關「世界衛生組織」（WHO）發出參與第69屆大會（WHA）邀請函，其中提及聯合國大會第2758號決議、WHA第25.1號決議以及上述文件中之「一個中國原則」等文字，外界有人認為與台灣參加WHA沒有關係，「這是很大誤解」。
童振源重申，台灣參與國際組織的活動，不應受到任何政治框架的限制，特別是台灣人民的健康，是普遍的基本人權，所以台灣必須務實而有意義地參與世界衛生組織。
他說，這樣的參與不僅攸關國人的健康權益而且是世界衛生及防疫體系不可或缺的一環，所以未來會積極參與，「但也不希望有任何政治框架，加諸於台灣的參與」。
至於是否擔心對岸都以一中原則做為台灣參與國際事務的附帶條件？新政府如何因應？以及總統當選人蔡英文520就職演說是否會針對一中原則說明？
童振源強調，2758號決議與所謂的一中原則沒有直接的關係，WHO秘書處引述這樣的決議文與一中原則，也沒有直接關係，台灣的參與不應該受任何政治框架的限制，「至於520的演說，請大家拭目以待，很快就到」。
另外，黨內人士說，新政府方面8日已經把希望回函世衛的內容告訴馬政府，馬總統昨天召開國安高層會議，對新政府的回應稿有些不同看法，「他們不願意按照我們的要求來進行」、「若按照他們的信函對外發布，可能造成國外對我們的誤解以及外界對我們的誤解」，溝通後，決定有第2封信再附上出席名單。
黨內人士說，信函是透過日內瓦代表處，親自遞交給WHO的秘書處，目前確定WHO秘書處有收到這2封信以及出席名單。至於到底有沒有報名成功？「我們還沒有收到確切的答覆」。