華航自2012及2013年分別導入國際ISO 14001及ISO50001條文標準，建立環境管理系統（Environmental Ma nagement System, EMS）及能源管理系統（Energy Man agement System, EnMS）並通過驗證，成為國內首家、國際第二同時獲得此雙證書的航空公司。
認證範圍包含企業營運與管理、飛航營運與管理、客／貨運服務及航機／發動機維護作業等，為現今環境暨能源管理範圍最完整的運輸服務業。
為符合每3年執行全面複核的規定，華航2015年底邀請立恩威國際驗證股份有限公司（DNV GL Business Assurance） 依其嚴謹且獲全國認證基金會（TAF）認證通過之稽核規範執行EMS及EnMS第三者稽核，順利通過並取得此二份新證書。