頂新越南油案審理至今的主要爭點，在於檢察官是否能證明油品有危害人體之虞，因此高分檢4月26日提出國衛院的不飽和醛類化合物檢驗報告，格外受外界矚目。但台大毒理學副教授姜至剛3日擔任鑑定人時表示，檢察官所提的不飽和醛類，事實上無論是國家或國際上都沒訂定標準，且油品中本來就會有醛類化合物，因此可以說頂新的油並沒有超標的問題，根據一審判決書所載，姜至剛也認為頂新油品從進口到上市都符合法規流程，並未違法。
對於頂新油品品質問題，高分檢接連兩次在審理之前發出新聞稿指出，頂新油品含有四種不飽和醛類化合物，且超出市售產品數十倍，甚至質疑是有毒物質，媒體報導後引發民眾恐慌。但在審理庭上，檢察官對於該份報告從如何抽樣、檢驗內容及數值意義卻是解釋不清，也未依審判長諭知完成資料補充，因此審判長二次裁示檢方，不得針對此份報告詰問。頂新也發出聲明，籲請檢察官依證據說話，勿先射箭再畫靶，應尊重法院而非訴諸媒體公審。
此份引發檢辯雙方從院內到院外激烈論戰的國衛院報告，最有爭議的部分就屬檢體對比基準問題。頂新律師質疑，頂新屏東廠在103年10月已關廠，所有油槽裡的油都是10月之前生產，衛福部當年11月在將油槽加熱後抽樣、之後常溫保存，在104年6月送給國衛部，因此即使國衛院以攝氏4度保存後再進行實驗，檢體在104年6月前早已在非真空、溫度不穩定的情況下遭受殘酷性破壞。而檢察官拿頂新製油官網的產品說明來強調頂新產品可以保存一年，此說法也遭頂新律師打臉，任何食品包裝上的保存期限都是指在真空未拆封下的期限，此檢驗的油品已不能用此保存標準來看待，而檢察官以此來推論油品本身在越南就已經腐壞發臭、逾期保存的說法，更不公允。
本案無論是一審或二審檢察官都不斷強調廠商溯源管理的責任問題，姜至剛在出庭證述時表示，現行法規僅規定溯源要求到廠商的上一手和下一手，且檢驗雖不是萬能，但還是可以做為判斷品質的標準，如果沒有超標就可以認定是安全的、可以在市面上銷售，因此從頂新油品的SGS報告中，足以判斷頂新油品品質符合法規標準，可以販售，也強調「食害」在科學上是很難證明的，無法從單一食物攝取就能證明人體傷害。