林全內閣大致底定，其中已公布的40位閣員僅有4位女性，女性比例佔10%，引發婦女與性別團體不滿。婦女節前夕，包括婦女新知、勵馨基金會、主婦聯盟等14個團體今（3）聚集民進黨中央黨部召開記者會，婦女新知基金會董事長沈秀華批評，準總統蔡英文上任至今的表現令人失望，不僅新內閣性別平等水準倒退20年，更背棄2012年「性別政策白皮書」中，「各級政府首長等公職委員會委員的任一性別比例不得低於三分之一」政治承諾。抗議團體並上演行動劇，諷刺女總統第一任新內閣，竟是男性俱樂部。
此外，曾在扁時期擔任國策顧問的婦女運動者李元貞，更因不滿新內閣女性過低，拒絕出席準總統蔡英文就職國宴，並發表「蔡英文對不起彭娩如女士」一文，請抗議團體代讀。文中指出，林全內閣女性閣員僅10％、離彭娩如為民進黨開創的婦女參政1/4局面太原，顯見運動者期待女總統會提拔更多女性是錯誤的。「她（蔡英文）對提拔女性如此吝嗇，沒見到人事安排有培養女性長才企圖，使我非常傷心！蔡總統實在對不起在民進黨開創婦女參政的彭娩如！」
婦女新知基金會自5月1日發起一份抗議聲明，指出身為女性運動及性別平權支持者、推動者，對大開時代倒車的女總統失望憤怒。作為選民，仍會持續監督，要求蔡英文兌現她曾提出的「性別政策白皮書」。
針對婦團批評，準行政院發言人童振源回應，注重性別平衡和促進女性參與，是蔡英文與民進黨一貫主張。這次內閣成員組成，經綜合考量評估，有嘗試徵詢多位女性加入內閣，但結果不如預期，會再加努力。他說，未來政府施政和決策，將注重性別多元思考、促進女性參與，讓女性參政成為台灣未來主流價值，新政府也會善用性平會和各部會性平小組平台，和團體學者為性平努力，並加強一級主管性平概念。