關於近日發生的肯亞案及沖之鳥爭議，國民黨主席洪秀柱批評民進黨「逢中必反、逢日必軟」，準行政院發言人童振源2日接受廣播媒體專訪時，被問到新政府對於兩岸及日本的立場。
童振源表示，對於沖之鳥爭議，新政府的立場就是一定要維護漁民的權益，並希望現任政府與日本保持密切溝通，以釐清執法爭議；在爭議沒有釐清前，則希望日方不要干擾我國漁民在該海域作業，不要將爭議擴大。
他指出，台、日間目前有許多溝通管道，也有多次談判經驗，未來新政府會透過這些管道及機制更積極溝通、希望能取得默契，若仍有衝突及爭議，可以國際法作為依據。
至於肯亞案，童振源指出，新政府的態度是一致的，只是因為還沒有執政，溝通管道還未建立，所以不容易釐清相關爭議。他表示，若我方在對岸有代表，溝通就很快。他說：『(原音)如果我們在大陸有代表，我相信溝通就很快，但現在我們在大陸沒有代表，法務部只是國際兩岸司的司長過去，跟對岸公安部的局長，這樣對話層級相對較低，所以許多問題不易一致性解決，會流於技術性，但問題是兩岸關係或台日關係有些是政治性議題，需要更高層次來化解。』
童振源並指出，若未來能由陸委會主委或副主委與對岸利用熱線對話，相信在處理爭議時會比較順利。
童振源強調，民進黨到目前的反應並非要與對岸強烈對峙，而是希望透過兩岸合作降低犯罪問題，並保障受害人的權益、追回犯罪所得，但對岸不該在第三國將我國國民粗暴帶走。他希望雙方能溝通如何解決跨國犯罪的管轄權問題，並合作遏止犯罪，不要因為管轄權問題造成雙方無法合作。