立委賴士葆表示，中研院長翁啟惠周一見總統，卻未請辭，引發外界質疑。他質問翁啟惠堅持不下台的中心思想，究竟為何。翁啟惠說：「我堅持我是清白的」，也考慮到制度面，因為出缺就要再啟動臨時評議會選出新院長，會造成中研院人事波動。
翁啟惠表示，自己當時在成為中研院院長候選人時，名單也遭曝光，「覺得很難過」。
之前在評議會選出3名新院長人選時，賴士葆認為中研院當場提更改選舉透票規則，從無記名投票，改為無記名排序投票，相當不妥，中研副院長王瑜表示，當天提案都有通過三分之二評議員同意，也有法律專家在現場，但賴士葆仍認為：「沒有人這樣玩的」。