中央研究院院長翁啟惠昨會見總統馬英九，但卻未提請辭，中研院秘書長吳金洌解釋，若院長請辭，副院長、中研院內的一級行政主管都得一起離開行政職，若未有新院長和新團隊接手，將造成中研院院務有空窗期。
吳金洌表示，中研院長是由總統圈選任命，而副院長是由院長任命，任期和院長一致，若院長請辭，副院長和團隊都得一起離開，若未有新團隊接手，將造成院務有空窗期。因此唯有總統盡快任命選出新院長，才能辦理交接，讓院務無縫接軌。而且總統選出新院長後，最快一、兩周內就可交接完畢。
翁啟惠昨在給馬總統的信函中也提到，若在此時辭職，不僅將造成人事動盪、引起國際關切，甚而影響國際聲譽。但若新院長能及早確認，他願配合提前辦理交接。