受命法官黃瑞華、庭長陳世淙、陪席法官王敏慧、吳三龍、陳宏卿組成的合議庭，審理時曾破例提訊鄭捷，創下最高法院首例。
合議庭表示，鄭捷是當場被逮捕的現行犯，罪證明確。即使律師所指違反法定程序屬實，也不影響法官認定鄭捷犯行。他行凶時有責任能力，沒有心神缺陷或精神喪失，精神鑑定報告縱使有瑕疵，也不影響法官認定。
合議庭指出，教化是無期徒刑、有期徒刑、拘役的刑罰執行目的，但不是死刑刑罰的目的。本案鄭捷的罪行罪責達到兩公約所指最嚴重罪行，判處死刑符合比例原則，若不判處死刑將無法實現正義。
台灣是保有死刑立法的國家，合議庭表示，贊成或反對廢除死刑，屬於無關對、錯的價值選擇，也是言論自由。台灣是民主法治國家，對不同言論，應互相尊重及包容。兩公約的目標雖是廢除死刑，但在全國達成共識、立法廢死前，法院仍應依法審判，不得迴避死刑。