臺北港東1-1後線貨運中心目前出租予臺灣港務國際物流公司經營，該公司經營項目有貨物倉儲、進出轉口及海運快遞等多項業務。其中海運快遞之發展，係基於速度快於一般海運，但成本遠低於空運，這項運用高速客貨輪（如麗娜輪、海峽號等）提供快速物流的服務，在中小型跨境電子商務、農特產品等市場上具相當利基，該公司積極投入經營此項業務。
臺灣港務公司財務處資深處長陳素芳表示，今年1月份海運快遞專區營業額約1萬2千元，2月份遇到農曆年營業額不到萬元，3月份營業額8千元。因近期國際油價大幅下跌，致使空運與海運快遞價差減少，貨源轉移至空運，影響海運快遞之營運量，臺灣港務國際物流公司已加強招商活動，積極爭取符合海運快遞利基之業者，充分運用臺北港鄰近桃園機場密集的空運航班優勢，提供海空聯運服務，結合海、空運提供貨主或消費者最佳物流方案，並研議結合自貿區前店後廠操作，彈性調整海運快遞倉儲空間供自貿業務之用、靈活調度人力配置，發展其他高附加價值業務等，以充分發揮營運效益，並達成臺北港東1-1倉庫公共服務之政策目標。