新政府教育部長將由台中台中市副市長潘文忠出任，教育部次長則是台大副校長陳良基出任。林全表示，未來教育部最重要問題包括微調課綱、十二年國教，課綱在立院的討論中是政治問題，十二年國教則牽涉價值問題，新政府如何處理，教育部長說的算，不能他講的算。
林全表示，課綱議題在立法院的討論中是個政治問題，將來會朝建立制度著手，在公平評鑑情況下，建立課綱審議機制，這部份立法院已有討論，有制度後，教育部會比較好走。
他也表示，十二年國教牽涉價值觀的問題，各界有不同期待，唯一能做的就是盡力讓立足點平等、受教權平等，讓彼此間能夠有些協調妥協；教育團體關切的高中是否社區化等問題，大方向是對的，但怎樣進行仍尊重教育部最後決定。