日本時間凌晨1時25分，九州熊本縣熊本地方觀測到規模7.3強震，地震深度12公里。熊本中央區、熊本東區、熊本西區、菊池市、宇土市、南阿蘇村等地觀測到最大震度6強。芮氏規模7.3，同1995年發生的阪神大地震規模。
日本氣象廳地震海嘯監視課長青木元於凌晨3時半許召開記者會表示，14日晚間所發生的「熊本地震」是「前震」，今天凌晨的這場地震才是主震。
青木表示，14日晚間9時26分觀測到的熊本地震芮氏規模6.5，今天凌晨的這場地震是芮氏規模7.3。
青木指出，今天凌晨這場地震搖晃強度較強的地區比起前晚的地震，範圍較廣。他呼籲民眾要遠離搖晃強烈地區的危險場所，確保人身安全。
青木說，餘震會變多，大約今後1週之內有可能發生最大震度6弱程度的餘震，民眾應充分注意。
今天凌晨1時25分的強震之後，觀測到多次餘震。3時55分又觀測芮氏規模5.8、最大震度6強的強震。震央是在熊本縣阿蘇地方，地震深度10公里。
今天凌晨的兩波最大震度6強的強震，導致有多棟民房倒塌、傳出有民眾被倒塌房舍活埋。還有觀測到震度6強的宇土市市役所（市公所）整棟鋼筋水泥建築物幾乎崩塌。熊本縣東區2棟建築物倒塌，有些樓層居民失聯。另外，阿蘇郡西原村的大切（火田）水壩有潰決的危險性。
今天凌晨日本首相安倍晉三一度出現在首相官邸（行政中心），政府發言人、內閣官房長官菅義偉召開緊急記者會說明災情。鑑於今天凌晨的強震，導致不僅熊本縣，連大分縣也傳出災情，因此安倍政府今天清晨5時，在首相官邸召開「緊急對策會議」。
安倍原訂今天到14日晚間發生強震的熊本，但為了坐鎮指揮救災，臨時取消。