根據周刊報導，下屆中研院院長被推薦人包括現任副院長王汎森、香港城市大學校長郭位等6人，其中郭位更是總統馬英九的舊識，遭質疑是「馬友友」。對此，曾為中研院院士的立委黃國昌今（6）日表示，中研院遴選過程嚴謹，應不至於會有外力干涉；且若按照時程，屆時仍應尊重準總統蔡英文的「人事任命權」。
據傳下屆中研院院長6位被推薦人，包括現任副院長王汎森、曾被提名諾貝爾物理獎的吳茂昆、前台大醫學院院長陳定信、美國加州大學洛杉磯校區化學暨生物分子工程系主任廖俊智、專研阿茲海默症的蔡立慧，以及香港城市大學校長郭位。
其中郭位跟馬總統曾是建中同學、海軍陸戰隊同袍，也是唯一的「大陸地區」院士，因此被視為「馬友友」。
針對院長推薦人是否有政治操作空間，黃國昌回應，無論是中研院院士、院長的選拔，都必須經過相當嚴謹的過程，透過這個嚴謹過程所選拔出的人選，在學術上的表現一定都讓大家有目共睹；因此，他還是會尊重遴選委員會的決定。
黃國昌表示，必須等到人選出來後，在給總統圈選的階段中，才會發生「政治上考量」的情形。
不過黃國昌也說，依照他過去擔任院士的經驗，遴選時程應不會這麼快就結束，屆時遴選委員會的遴選結果，應該還是要尊重準總統蔡英文的人事任命權。