媒體報導，翁啟惠在院長任內訂定「中央研究院科技移轉利益衝突迴避處理原則」，規範執行技轉時，當事人應揭露可能發生利益衝突的情事，涵蓋自己的配偶、二等親以內親屬。
部分輿論批評翁啟惠在浩鼎案，違反了自己訂定的規則，中研院院方則說檢調已介入調查，目前不方便評論。另外，中研院部分院內人員也於3月30日發起連署，要求翁啟惠自行將此案交付倫理委員會審議，由院內外公正人士組成倫理委員會，對事實作出釐清。
台灣大學心理系特聘教授黃光國表示，這事件凸顯中研院直屬總統府，長期以來缺乏監督，內部拉幫結派、球員兼裁判，雖有內規卻鮮少執行。
黃光國表示，浩鼎案發生可以說是早晚的事，他並引用中研院院士羅銅壁在其傳記中提及，中研院花了很多錢請外國人做評鑑，卻「很少實話實說」。他批評學術界的造神運動，「神」可以自訂規則，但自己不用遵守。
東吳大學物理系名譽教授劉源俊表示，中研院直屬於總統府的架構，全世界絕無僅有，連中國大陸的中國科學院，都是在國務院底下。他批評中研院看起來好像有自省機制，但長期沒什麼效果，並質疑院內人士連署要將翁啟惠送倫理委員會，也只是做做樣子，相關機制應藉此機會檢討。