馬英九澄清自己的登島行動，是為了凸顯國家主權，與中國大陸無關；蔡英文澄清民進黨堅持太平島主權，部分立委的放棄太平島言論或批評馬英九的登島行動，不能代表民進黨。不管是哪一方的澄清，都顯示國、民兩黨的太平島立場和政策，其實距離不遠。
3月23日，馬英九總統首度大陣仗邀請十家外媒親登太平島，試圖凸顯中華民國的南海主權，澄清太平島的國際法地位，駁斥菲律賓在南海問題國際仲裁案指稱的「太平島並非島嶼」說法。
馬英九的高調演出，明顯是延續今年1月28日的首度登島行動，當時美國在台辦事處AIT發言人游詩雅（Sonia Urbom）和國務院副發言人唐納(Mark Toner)都曾公開表示「感到失望」，還說「此行動不但極無助益，也無法為南海紛爭的和平解決做出貢獻」，敦促台灣及所有聲索國採取降低緊張情勢的舉措。民進黨中國部主任趙天麟當時也批評馬「在中美、乃至東南亞在南海議題如此敏感、衝突一觸即發之際，台灣國際地位再怎麼艱困，也要考量國際社會的遊戲規則」。對於馬總統登太平島，趙表示「民進黨不接受，予以譴責」。
耐人尋味的是，民進黨隨後立刻發表更正聲明，澄清趙發言只是「立委個人看法」，民進黨立場「以蔡主席發言為準」，表示「民進黨的立場一向都很清楚，也就是堅持南海主權，確保航行自由」，並主張「相關爭議應該根據國際法和海洋法公約，以和平方式處理」。
這次3月23日馬邀請外媒登島，美國CNN主持人阿嫚普(Christiane Amanpour)專訪馬英九，也沒給馬好臉色，直接挑明不管是美國、菲律賓、越南都批評馬的登島之舉，當面問馬「您是挑釁呢？還是按照中國的吩咐才去做的？」還影射馬是為了向中國示好，「因為只有中國沒有批評這項舉動」。
針對美國質疑兩岸聯手的政治動機，馬並未回應，只重申「我們要讓全世界了解事實真相」、「這是第一次把南沙群島唯一有淡水的島完全公開」，強調太平島是「島嶼」，不是「岩礁」，「不但有充分淡水，能夠耕作農產品，也有經濟生活」，同時表示「中華民國自1956年開始在島上駐軍，我們有效統治太平島已經60年」。
馬英九不惜得罪美國、強勢捍衛太平島和南海主權的登島行動，民進黨儘管並未公開肯定，但也小心管控反應言論，並未跟進美國做出強烈質疑。第一次1月28日馬首度登島，民進黨糾正趙天麟發言，跟進堅持南海主權，強調依循國際法與海洋法公約和平處理相關爭議；第二次3月23日馬邀請外媒登島，民進黨發言人王閔生針對媒體詢問蔡是否願意和馬一起登上太平島，只低調表示「沒有這樣的計劃」，並未質疑登島行動。換句話說，儘管兩黨存有統獨分歧，但對於太平島的立場和政策，其實頗有交集。
畢竟，準總統蔡英文並不想捲入南海主權爭議，認為台灣夾處在美、中兩大國之間，未來民進黨政府既要維持穩定的兩岸關係，又要維繫與美、日關係，並沒有必要在南海議題上一面倒選邊。基於這種「不選邊、不惹事」的保守中道立場，蔡英文至今只強調台灣擁有太平島主權，並未對頗有國際爭議的「十一段線」南海海域主權做出表態。2015年11月，蔡曾呼籲「我們反對挑起緊張行為，支持航行及飛越自由」。2016年1月16日大選當晚，蔡重申「我們希望南海問題能夠和平解決」，二者都和「積極溝通、不搞對抗」的兩岸路線相符。
這種避免刺激周邊國家緊張、不隨美國單方起舞、盡量尋求美中兩大國諒解的多贏策略，正是蔡英文南海政策的基調。例如針對3月23日馬英九登島，蔡雖未積極參與，但也樂見總統凸顯太平島主權；但針對3月29日親民黨團要求針對南海主權做出決議，將「中華民國對南沙群島及其周遭海域享有國際法上之權利，任何國家無論以任何理由或方式予以主張、佔據、或任何國際仲裁之片面決定，中華民國政府一概不予承認」聲明徑付二讀，民進黨就提議交付朝野協商1個月，認為上述主權宣示太過強烈，恐將刺激南海周邊情勢，未必有利台灣。
問題是，隨著美國重返亞洲日益浮上檯面，美中兩大強權的軍事抗衡增溫，美國拉攏南海周邊國家菲律賓、日本、甚至越南加入同盟的力度也越來越大，最缺乏國際地位和存在感的台灣，如果只有「不選邊、不惹事」，始終沒有積極作為，最後很可能會對南海議題完全失去國際話語權。
誠如3月4日美國紐約大學法學教授孔傑榮所言，在國際仲裁法庭對菲律賓控訴中國一事做出裁決之前，蔡英文在南海的挑戰還不會浮出檯面，但台灣早晚要面對南海仲裁的挑戰，「因為台灣的海洋法主張與北京類似，這個仲裁決定不僅對北京，對蔡政府也將產生重大影響」。中研院南海專家宋燕輝也警告說，南海仲裁案在今年5-6月出爐，對蔡政府可能將是「第一個外交危機」，「台灣必須把穩立場，絕對不能盲目附和美國主張，自我否定『十一段線』的歷史依據，否則台灣勢將有嚴重的後果」。
就此而言，蔡英文總統上任之後，即使能夠穩住「維持南海現狀」策略，仍有必要對太平島採取積極佈局。為了穩住兩岸關係，新政府可延續「登島護主權」行動，如中國國際問題研究院副院長郭憲綱所言：「如果蔡英文上任之後能登島宣示主權，站在中國大陸立場，只要能維護中華民族整體利益和主權，無論藍綠，都認為值得肯定；北京在這方面將會實事求是，對事不對人」。
更重要的是，新政府可進一步將太平島提升為「南海和平之島」。為了化解南海仲裁危機，孔傑榮教授曾建議台灣「將太平島變成一個和平解決東亞糾紛的中心，成為舉辦相關國際會議、開展聯合研究項目和持續多邊討論和談判的場所」。蔡英文可藉此向全世界展示，「台灣對太平島公開且和平的利用，與北京建造人工島嶼背後明顯的軍事意圖，形成鮮明對比」。他還認為「台灣採取主動姿態，也有助於結束外交孤立，有利於在東亞地區發揮更加活躍的角色」。
總之，對新政府來說，太平島未必只會帶來頭痛，也可能帶來利多。延續馬英九的「登島護主權」行動，將有助於新政府穩住兩岸關係；提升太平島成為「南海和平之島」，將有助於新政府拓展台灣的南海角色。二者並行不悖，將可讓兩岸政策與新南向政策找到更多交集。