漁業署指出，遭印尼公務船槍擊之琉球籍「聖德財號」及「連億興116號」等2艘漁船，於3月24日上午7時許航抵新加坡裕廊漁港(Jurong Fishery Port)，該署人員前往關懷、慰問該2船船長及船員，該船長及船員向本署關心人員說明案發情形。
漁業署表示，該2艘漁船為經政府核准赴印度洋作業之鮪延繩釣漁船，並為印度洋漁業委員會(IOTC)白名單漁船，該2艘漁船均裝設漁獲電子回報系統(e-logbook)，每日回報1筆作業資訊，該2船亦均裝設船位發報器(VMS)，每4小時回報1次船位，此外，該2船亦均裝設航程紀錄器(VDR)，可每3分鐘記錄1筆船位資訊，經綜合判讀該2艘漁船e-logbook、VMS及受槍擊「聖」船VDR資料，該2船於3月18日結束作業後，即以每小時約7浬速度航行進入印尼專屬經濟水域(EEZ)，之後並維持該速度，以連續不間斷方式航行(如附圖)，未有作業跡象。
漁業署進一步說明，該署人員於星國關懷「聖」船等二船漁民時，漁民告知該二船遭追逐時間為21日凌晨3時許，當時由印尼籍船員當班，該2漁船船長當時有聽到無線電傳來聲音，「聖」船船長，並請1名印尼船員來聽無線電，惟因聽不懂，且時值深夜昏暗，不敢停船，故本能加速駛離，以擺脫追逐。另對於印尼政府向媒體表示，「聖」船及「連」船在印尼EEZ非法作業，以及「聖」船企圖衝撞印尼公務船等節，該二船船長均嚴正表達並無此事。 受槍擊之「聖」船船長向我前往關心人員指明受槍擊漁船狀況，於「聖」船船上發現17處彈孔(痕)，主要集中於駕駛艙及船員住艙附近，另「聖」船船長亦出示2枚較完整之彈頭及2個彈頭碎片。
至於「連」船上則無發現彈孔(痕)。 漁業署最後表示，根據上述事實綜合初步研判，該2船於航行進入印尼專屬經濟水域後，以連續不間斷方式航行，判斷無從事延繩釣作業之可能，該二艘漁船遭追逐時，時值深夜，該海域曾有海盜出沒，未能瞭解對方身分，船長本能加速駛離，以擺脫追逐，實屬正常，另根據印尼政府對外公布之影片資料，「聖」船並無衝撞印尼公務船。雖然漁船進入其他國家EEZ，其他國家公務船有權執行登檢，惟此次案件仍顯印方登檢程序不明確之情形，而印方公務船使用武力時機及是否過當，亦有必要請印方加以釐清檢討，該等事項該署後續將洽請外交部向印方進行交涉洽繫要求提供具體事證，該署亦請我漁船經過印尼水域懸掛我國旗，避免產生誤會，以保障漁民權益及漁船作業安全。