根據蘋果（Apple）iOS 9.3的更新說明，Night Shit（夜間模式）啟用後，會使用iOS裝置的時間和地理位置來確定用戶所在地點的日落時間，然後會自動將螢幕顏色調到光譜的暖色調，蘋果宣稱這可能有助於用戶的睡眠品質。
iOS 9.3也改進了「備忘錄」App，可使用 Touch ID指紋辨識功能或密碼來保護用戶的私密資料，可依照字母或筆畫順序、製作日期或編輯日期排序備忘錄；在「備忘錄」塗鴉時，兩指滑動或點一下「新增塗鴉」按鈕可快速顯示新的畫布，也能在備忘錄下方新增檢查表按鈕，讓製作列表變得更輕鬆。
iOS 9.3第3大新功能是改進News App，在「For You」中新增Top Stories段落，列出當天最重大的報導，也在「Editors' Picks」中搜尋值得閱讀的好文章，其中包含Apple News編輯親手挑選的頻道和主題。
第4大新功能是改進了「健康」App，可顯示包含體重、體能訓練、睡眠等特定資料類型的相關第三方App，且「健康」控制台支援了 Apple Watch 中活動、運動和站立的「活動記錄」資料和目標，也可使用「3D Touch快速動作」來從主畫面快速取用「控制台」和「醫療卡」。
第5大新功能是改進Apple Music，無需將Apple Music目錄的歌曲加入資料庫，便可直接加入播放列表，且在iPad上可以全螢幕觀看音樂錄影帶。
其他新功能包括改進「照片」App，可從Live Photo擷取靜態影像；改進了 iBooks，可將用戶的PDF檔案儲存於iCloud，以便所有裝置取用；改進「教育」功能，可透過預覽「共享的iPad」功能，讓多位學生在一天的不同時間段裡使用同一部 iPad；也改進CarPlay車用功能，讓Apple Music成員可從CarPlay取用「為您推薦」和「最新精選」內容。
蘋果iPhone用戶可進入手機上的「設定」，檢查「一般」中的「軟體更新」，就能取得iOS 9.3的更新通知。