台北市長柯文哲是葉克膜專家，對於這次全台流感疫情肆虐，葉克膜是否該由中央統一調度一事，柯文哲表示，他認為重點不在於那台機器，不是讓病人裝上葉克膜就了事，而是有沒有適合使用、且有能力使用的團隊。
他並指出，對於流感，有時用普通呼吸器就可以解決，他擔心葉克膜會過度使用。柯文哲：『(原音)另外一個坦白講，流感用到葉克膜要看適應症，有時候用普通呼吸器就可解決，所以我也怕說會overuse，過度使用。我想這種醫學上的問題，衛福部應該會啟動一個緊急小組去討論。』
對於衛福部在調度葉克膜一事上被批評態度消極，柯文哲認為這是因為新任總統選出到就任的空窗期太長，「大家現在不知道要做什麼」，也不知道新政府的態度如何。柯文哲強調，這已是普遍的氣氛，不是針對衛福部，他也了解台灣醫療體系的實力，相信能很快調整，解決問題。