關於台灣與印尼之間的摩若台島合作開發案，外交部23日表示，此案是雙方基於平等原則，以「政府對政府」方式進行合作，雙方於2012年簽署合作備忘錄，組成「雙邊指導委員會」共同推動；隨後外交部根據備忘錄委託國合會在摩若台島辦理能力建構訓練班、考察基礎建設現況並提出規劃建議、完成該島經濟特區投資誘因需求調查報告等工作，相關計畫都已在2014年執行完畢。
外交部強調，摩若台島合作案並未中止，只是停止委託國合會繼續執行，外交部發言人王珮玲說：『(原音)外交部委託國合會在摩若台島所執行的能力建構計畫雖然已經告一段落，但是我國與印尼的摩若台合作案並未中止，兩國所簽署的合作備忘錄依然有效，因此未來如果印尼方面依照備忘錄提出新的計畫需求，而且經過我方評估確有實質效益，當然仍有後續合作的可能。』
外交部指出，印尼佐科威(Joko Widodo)政府對此案表示支持，外交部已多次促請印尼政府提出實質優惠獎勵條件及配套措施，並改善摩若台島基礎建設條件，為這項合作案的後續推動增進動能；外交部還表示，我方尚未針對摩若台島經濟特區投入開發基金，目前也沒有台灣業者前往投資。