針對政權交接事宜，行政院長張善政日前指示各部會詳細準備施政資料，以向新政府「深度交接」。
國防部表示，過去陳水扁、馬英九當選總統後，國防部都曾在兩人上任前先行簡報，因此，這次也將比照前兩次政黨輪替政權移交的模式，向新總統當選人蔡英文進行機密簡報，讓她在上任前瞭解當前敵情威脅、重大國防政策、建軍備戰執行成果、兩岸軍事動態等國防要務。國防部軍事發言人羅紹和：『(原音)依據憲政體制，總統他是三軍統帥，國防部基於職責，我們目前正依據行政院的指導，循例要向即將就任的中華民國總統簡報，而讓她能夠了解當前的國防政策，以及重大施政的執行概況。』
國防部指出，屆時將由國防部長高廣圻率參謀總長嚴德發等國軍重要軍職將領，一同向蔡英文做簡報。這將是國軍第一次向女性的準三軍統帥簡報，至於簡報的時間，則待民進黨所組成的「政權交接小組」擇定。
除了國防部外，包括外交部、陸委會、國安局等與總統所屬職權相關的單位，也都將循例在520前向蔡英文簡報。