2016大選期間，台北市長柯文哲「柯氏旋風」橫掃全台，他曾預言蔡英文當選後「滿意度會很低」，並力挺柯建銘角逐立院龍頭。周刊報導指出，蔡英文幕僚難以容忍柯文哲頻踩紅線，據傳蔡當選後，柯陣營曾要求設置熱線，卻遭英派嗆：「用LINE就好！」雙方關係似乎出現微妙變化。 柯文哲選前認為，蔡英文5月上任，因第一年預算不是她編的，且立院「生毛帶角」，也不是她想怎樣就怎樣；柯文哲甚至表示，蔡英文最大的危機是「期望值太高」，實際上不管她怎麼做，滿意度都會很低。 根據《時報周刊》消息，蔡英文相當重視柯文哲現象，去年初派人關注柯P的施政及言論，以供民進黨執政縣市參考。不過，隨著柯文哲言行帶有侵略性，多次踩到小英的紅線。周刊說，柯陣營選後試圖跟小英建立熱線，卻遭幕僚潑冷水：「他不是最愛用LINE？就請他跟蔡主席新開一個群組就好啦！」 民進黨發言人楊家俍表示，《時報周刊》在沒有查證下逕此報導，令人感到不解與遺憾，並斥責該報導為無稽之談。他指出，蔡主席身邊的幕僚，沒有任何人曾經這樣說過。