國防部開放營區內可使用智慧型手機，但考量安全管制，決定採用中科院研發的「智慧型手機自動化管理系統」，使用智慧型手機的官兵將強制下載這套APP軟體，不過，有官兵質疑自己可能因此被掌控言行。
對此，國防部19日解釋這套軟體沒有監控設定，主要機制是進入營區前點選「上鎖」，包含照相、熱點分享、打卡、藍芽等功能就無法使用；一旦離開營區，只要點選「解鎖」，就可以恢復相關功能。
國防部資通安全處處長董玉文表示，主要是為了資訊安全，才提出這套軟體管理工具，讓官兵可以在規範下自由上網。董玉文說：『(原音)就我們軍事安全立場，這是跟營區內機敏資料、設備還有機敏營區的管控有洩密的風險，所以我們針對這4項加以管控。我強調，除了我們管控的這4項以外，目前所有智慧型手機上的功能都可以使用，所以有關社群的聯繫、網頁瀏覽上網都可以使用。』
董玉文指出，就技術上來說，只要進入營區、完成「上鎖」的動作，就無法在營區內解鎖，如果真的有官兵違規使用，最重會有大過以上的處分。