蔡英文順利贏得2016年總統大選，對於新政府正式上任前的空窗期，先前就傳出馬英九總統願意釋出組閣權，讓多數黨組閣；蔡英文當選後，馬總統致電祝賀時再度提到這個議題，希望能與蔡英文共商閣揆人選，由國會多數黨人士擔任閣揆。
對此，蔡英文16日晚間表示，這樣的主張有憲政爭議。蔡英文：『(原音)我們看到很多憲法學者提出不同意見，這代表這樣主張有很大憲政爭議，國家體制實踐不應該建立在有爭議的議題上。這個問題，我的立場來看，必須回到修憲程序上處理。』
蔡英文表示，馬英九總統如果關心這段期間政局的穩定與政府運作，就該任命稱職的看守內閣，這個內閣要謹守分際、尊重國會新民意，並和各政黨保持密切溝通協調，以確保交接過程平穩，這才是她希望的安排。
另外，對於是否開放含瘦肉精美豬進口，蔡英文表示，她會持續加強產業競爭力，也會有效且嚴格執行食品安全管理機制。在跨太平洋戰略經濟夥伴協定(TPP)的談判部分，蔡英文表示，談判預計會進行相當長的時間，新政府將在過程中加速國內產業升級；她並強調，未來進行任何對外談判時，都會和各部門有良好溝通，特別會與社會大眾好好溝通，所有對外談判將維持公開、透明。