新國會即將組成，行政院仍有許多組織改造法案和重要修法草案沒有通過，包括66個組織改造草案、長期照顧保險法草案、延長加班工時的「勞基法部分條文修正草案」，以及攸關兩岸互設辦事處的「兩岸人民關係條例部分條文修正草案」，由於屆期不續審，依立法院職權行使法規定，行政院須重新提出。
行政院長毛治國14日在行政院會裁示，為配合行政院的施政主軸，在新國會組成之後，包括66項組織改造法案和83項作用法案將不經修改，再送立法院審議。行政院發言人孫立群轉述說：『(原音)為免行政院政務推動受影響，此次所提重行送請立法院審議的法案，均為攸關行政院賡續推動重大政策的依據，且經檢討後認為無須再行審查的法案，包括行政院組織改造法案、有關長照服務財源的「長期照顧保險法」草案、配合法定工時縮減的「勞動基準法」部分條文修正草案等。請各主管部會儘早擬妥法案說帖，爭取各黨團及委員的支持，及早完成相關法制作業程序。』
國發會主委杜紫軍表示，自由經濟示範區特別條例草案在委員會審查時，因各黨派有不同意見，已做了修正，但後來沒有安排朝野協商，國發會會再檢討草案內容、重新提出。
杜紫軍也指出，歷任政府均強調提升行政效能，民進黨卻因為憲改爭議而撤回組改協商簽字，導致組織改造法無法在第八屆立法院通過，他感到非常可惜。杜紫軍表示，組織改造約還有三分之一沒有完成，他期盼不論誰執政都能持續推動行政院組織改造。