中央研究院主持的「南科考古計畫」，在「世界考古論壇‧上海」中獲得「田野考古發現獎」。該計畫自民國85年啟動，發掘出眾多出土遺物和先民骨骸，包括「台灣第一米」和「台灣第一狗」。
南科考古得到的眾多文物，為南島語族的來源提供了關鍵證據。中研院院士臧振華表示，南島語族西到非洲東岸馬達加斯加，東到復活節島，4億人口講共通的語言，必然有其古代源頭。然而學界提出多項假說，有從中南半島、馬來西亞等，眾說紛紜。
臧振華說，早期也有學者推論南島語族來自中國大陸東南沿海，但證據不夠充分，直到近年南科考古，在南關里遺址、南關里東遺址發現豐富文物，其食衣住行、葬儀等，都和大陸福建以南、海南島以北沿海遺址，有高度相似性。
臧振華舉例，南科遺址的民居都是杆欄式，陶器和石器風格也跟大陸高度類似。大陸東南沿海遺址年代約距今6000年前，南科則是5000年前，從年代排比來看，可推論台灣最早的人類，是來自大陸。
臧振華表示，南科考古支持了南島語族源自中國大陸沿海，有更強的證據，應可否定源自更南邊馬來西亞等地的說法。
不過，過去學界「出台灣說」，主要認為南島語族都是透過台灣當跳板，再往南傳到菲律賓、印尼等地。臧振華卻主張「源頭是單點，多路線傳播」，從大陸沿海開始，南島語族有一批先到台灣，也可能有一批沿陸路南下到越南再跨海，呈現多路線傳播。
臧振華表示，台灣4000、5000年前先民，非常善於海上航行和活動，基本上都住在沿海地帶，南科考古也發現，很多石器原料都來自澎湖七美島，可見當時已掌握一定的航海技術，才能頻繁跨越台灣海峽「黑水溝」。