台北地檢署指出，調閱前總統陳水扁女兒陳幸妤、兒子陳致中、女婿趙建銘等3人在台高檢查黑中心、特偵組、台灣高等法院的說詞顯示，本案為吳淑珍主動跟陳幸妤等3人要發票，並非3人主動蒐集，因此罪嫌不足，將全案處分不起訴。
檢方說，累計3年期間，3人平均一個月才給一張發票，共計約30張發票，發票內容包含到書店買筆筒及書籍等小額發票。
此外，檢方從扁家帳房陳鎮慧提供查扣的隨身碟發現，陳鎮慧做的內帳中，核銷國務費的明細，包含狗狗「哈妮」的美容費，陳幸妤對此曾說，「哈妮」是媽媽吳淑珍養的狗，「這筆費用，為何算他們頭上」？
檢方偵辦期間，另外傳喚多名隨扈，確認他們為何拿上萬元的用餐發票給陳鎮慧報帳？多名隨扈說，因為吳淑珍與友人用餐，不可能是吳淑珍自已去付帳，所以他們都會先拿自己錢出來墊款，經請示侍衛長得知，可以向陳鎮慧請款，這是慣例。
國務機要費弊案起緣於吳淑珍友人種村碧君旅居澳洲的堂妹李慧芬，她向時任國民黨立委邱毅爆料說自己的君悅飯店發票，被堂姐拿去給吳淑珍報繳國務機要費，因此監察院及審計部開始進行查帳，並將查帳結果轉交台灣高檢署查緝黑金行動中心，查黑中心事後依貪污罪起訴吳淑珍，之後成立的最高檢察署特偵組，也依本案循線查出扁家四大案（南港展覽館、龍潭購地等），並於陳水扁卸任後偵辦。
特偵組偵結扁家四大案並起訴陳水扁及吳淑珍夫婦後，台北地方法院一審宣判並告發種村碧君、陳致中、陳幸妤、趙建銘等人在國務機要費案涉及貪污，有詐領款項之嫌，一度由特偵組偵辦，後來發交由台北地檢署偵辦。
其中，種村碧君被認定曾與吳淑珍商議，並主動為吳淑珍蒐集大額發票，使吳淑珍詐領新台幣542萬9220元，其中包含在鐘銀行買兩支錶180萬元，卻拆成多張發票；種村碧君在今年8月遭起訴，明顯與扁家子女非主動提供發票，狀況不同。