彰化地院判魏應充等6名被告全部無罪後，台大校長楊泮池隨即開第一槍「滅頂」，還痛批頂新無罪使台灣變「黑心食品天堂」、「讓全世界人看笑話」。但彰院今年五月時便函請台大食科所協助鑑定頂新油品，楊泮池卻署名回覆公文拒絕檢測，理由是「由於該所非衛生福利部所認證的實驗室」，如今遭質疑前後說法矛盾。 　　據《蘋果日報》報導，彰化地院曾在今年5月21日函請台大食品科技研究所協助鑑定頂新案油品成分，台大隨即在5月28日函覆法官「由於該所非衛生福利部所認證的實驗室，恕難代為檢測，請查照。」對此，彰化地檢署承辦頂新案的主任檢察官林漢強表示，法律並未規定鑑定單位必須通過官方認證，例如很多大學都接受法院委託進行車禍案件的相關鑑定，且司法實務上，相對於民間機構所進行的檢驗結果，學術單位的鑑定報告更具有公信力。只是不知台大為何拒絕協助鑑定。據了解，彰化地院法官對於台大拒絕協助鑑定頗為失望，只好採用頂新案被告聲請，由財團法人食品工業研究所進行鑑定，並根據這份鑑定報告判頂新被告全數無罪。 　　由於台大拒絕協助鑑定，事後台大校長楊泮池卻帶頭「滅頂」，引發不少台大教授私下議論，其中台大國發所教授劉靜怡更在臉書PO文提醒：「先是拒絕幫法院作油品鑑定，接著大罵法院判決是國際笑話，這到底是什麼道理？哪門子社會責任呢？」隨即引發上百粉絲按讚。 　　而台大主秘林達德表示，台大食科所因非衛福部認證的實驗室，加上當初彰院來文要求檢驗的目標對夠明確，只說明要檢驗，並未清楚說明檢驗目標，因此由台大校長署名回文拒絕。林達德也指出，由於台大各單位不能單獨回文，皆由台大校長在公文上署名，但基於分層負責，該公文並未由校長室簽核，而楊泮池上周的說法，是基於食安為出發點，並非說法前後矛盾。