2014年10月30日，彰化地檢署認定頂新製油公司涉嫌向越南大幸福公司購買非食用的飼料油製作成豬油，依違反食品衛生管理法、商業會計法等，將前頂新製油公司董事長魏應充、代理董事長陳茂嘉、越南大幸福公司負責人楊振益等人提起公訴。
2014年11月28日，頂新案首度召開準備庭，魏應充在法庭上對於檢方起訴事項表示不認罪，堅稱公司業務都由專業經理人負責，自己只負責公司營運大方針。
2015年1月20日，頂新案首度開審理庭，魏應充、陳茂嘉，楊振益等6名被告首度一起到庭應訊。
2015年1月28日，頂新案再開審理庭，魏應充律師向法院聲請解除羈押禁見，法官裁定魏應充以新台幣1億元交保，檢方不服提出抗告。
2015年2月3日，彰化地院針對頂新案開延押庭，審判長吳永梁認為魏應充等多名被告「有羈押原因，無羈押必要」，維持交保裁定，但魏應充的保金從1億元提高到3億元。
2015年4月21日，承辦頂新案的彰化地檢署主任檢察官林漢強、檢察官姚玎霖等人特別飛往越南，了解越南當地市場的情形以及前往偵訊楊振益的同居人呂幸氏。
2015年8月12日，頂新案辯論終結，辯論庭長達21個小時，魏應充仍舊強調自己無罪，頂新委任律師則主張，以食用級規格採購豬脂熬製的原料油，且確實依照食品衛生以及進口相關法令的要求，檢方則直指，頂新回收過期食用油，倒入原料油重新精煉出售，對魏應充求刑30年。
2015年11月27日，頂新案一審宣判，魏應充判無罪，全案可上訴。