兩岸服務貿易協議先前遭質疑為黑箱作業，至今仍在立法院卡關，為避免兩岸貨貿談判重蹈覆轍，經濟部自第9輪兩岸貨貿談判起，無論在台灣或中國大陸舉辦，皆主動說明談判進展。
面對外界批評貨貿溝通不足，經濟部表達虛心接受，將持續努力將貨貿對外溝通做得更好，並強調貨貿溝通沒有最好，只有更好 。
經濟部以第12輪貨貿談判為例，11月21日至23日期間，在不影響協商下，儘可能公開更多資訊，經濟部國際貿易局局長楊珍妮21日及22日每日會議結束後，更以電話連線向記者說明協商進展及回應提問。
談判團隊在23日協商結束後，也隨即舉行記者會說明協商進展與成果，續回應記者提問。
產業溝通部分，經濟部強調，自100年2月啟動貨貿談判以來，行政部門已針對不同對象，進行超過770場次溝通說明，除了解產業需求並蒐集意見，以納入協商參考及研擬相關輔導配套措施外，並主動提供各產業公協會貨貿協商最新進展。
除了加強與產業溝通外，經濟部指出，行政部門積極與國會溝通，自103年9月起，每次協商前即拜會立法院院長及各黨團，說明協商規劃並瞭解各黨團意見，以及對外公布協商時間及地點；協商後則向立法院院長及朝野各黨團代表簡報協商進展，並進行詢答。
經濟部強調，在兩岸協議監督條例草案完成立法前，經濟部及相關部會將依據現行兩岸人民關係條例以及行政院版兩岸協議監督條例草案規定，持續進行國內溝通及協商工作，爭取社會共識。
待兩岸協議監督條例完成立法後，經濟部指出，貨貿協議將依相關規定進行審議程序。