太管處特別表示，新措施實施初期，由於新系統操作方式與以往不同，山友們可能申請作業會有不順暢情事，請多見諒，待孰悉系統的操作，將會比以往更便捷流暢。但由於為配合本項新措施，進行舊系統資料匯入新系統作業及檢視，並於11月25日開啟新系統對外服務。
另外，也請山友注意，玉山將實施「靜山」措施，活動自105年1月1日起至1月31日止實施，玉山主、群峰線之宿營點「排雲山莊」及「圓峰山屋、營地」將受理申請住宿至104年12月31日止。而玉山預估雪季約為每年12月中旬至隔年3月間，除靜山期間外，如屬玉管處公告山區有積雪之情形，須符合雪季(或雪訓)之管制措施，申請隊伍之全體隊員都應具雪地經驗，並備妥雪地相關裝備，才能確保登山安全。而玉山國家公園「登頂登高證書」也改版中，也預計新的年度也將有新款「登頂登高證書」。
而目前整合系統僅受理「玉山前峰單日往返」及「瓦拉米線單日往返」登山路線之申請，其他登山路線，還是需至玉山國家公園入園申請窗口申請及查詢。
而太魯閣部份，申請包括3部份，1. 奇萊主(北)峰、奇萊連峰、奇萊東稜、奇萊南峰、南湖大山、南湖中央尖、北一縱走北二、北二段、閂山鈴鳴山、閂山單攻、畢祿縱走羊頭、清水山、其它路線：入園前7天至30天（含出發當天）內提出申請；2. 羊頭山、畢祿山單攻路線：入園前3天至30天（含出發當天）內可提出申請；3. 錐麓古道受理申請時間為入園前1天至30天內（含出發當天），週二至週五入園應於前1日上午10時前完成申請，週六至翌週一入園應於週五上午10時前完成申請（連續假期應於放假前1天上午10時前完成申請）。
而「雪霸」，入園七日之前至一個月內每日7:00-23:00提出！
雖然三個高山型國家公園完成線上申請整合系統，但各管理處之登山路線及山屋仍各有其特色，因此在管理上仍有不同做法，注意事項山友可於入園申請網及各處入口網快速選單查詢，請山友一定要詳閱該注意事項。申請平台網址為http://npm.cpami.gov.tw/index.aspx。