第12輪ECFA貨貿談判21日登場，經濟部說明，貨貿協議對於未來將加速兩岸貨物通關程序，原則上雙方報關在儘可能範圍內，能在48小時內放行，但是若需經由主管機關檢驗或審核，或是海關認為須加強查驗者，則不適用48小時內放行的規定。
經濟部國貿局表示，過去台灣業者多次向政府反映，台灣產品出口到中國大陸面臨通關程序不透明等非關稅貿易措施，造成出口交貨時程延誤，嚴重影響出口利益，盼能在ECFA貨貿協議中，為台灣業者爭取產品出口到中國大陸的快速通關程序，以降低交易成本。
至於部分人士關切加速兩岸貨物通關程序是否影響食品安全檢驗的部分？國貿局指出，台灣對於各國輸入食品及相關產品的輸入查驗及檢驗，都依據食品安全衛生管理法及食品及相關產品輸入查驗辦法相關規定辦理，並強調雙方將在兩岸食品安全協議、兩岸農產品檢驗檢疫合作協議等既有架構下，或依據未來貨貿協議成立的工作機制，強化食品安全檢驗與動植物防疫檢疫的技術交流與合作；並強調，貨品貿易的快速通關，不可和邊境主管機關把關食品安全查驗措施混為一談。
此外，國貿局表示，他們已就食品安全及邊境管制訂有完善的標準與措施，不會因為要提升兩岸貨品貿易的通關效率，而降低對中國大陸貨品的實地檢驗項目與比例等要求，且進口食品必須完成抽驗程序，檢驗合格才予以放行。
對於進口食品，國貿局指出，不論是來自於中國大陸或來自其他國家或地區，農委會、衛福部及海關都嚴格把關，不因台灣與其他國家或地區簽署經貿協議而有差別待遇，若是發現產品有違規，除了不得輸入外，並提高風險管控、調高查驗抽驗率或加強其他管制措施，貨貿協議不但不會讓黑心食品進入，反而更可加強兩岸食安方面的合作，杜絕黑心食品。