雙方漁政機關主管及馬尼拉經濟文化辦事處理事長培瑞茲（Amadeo R. Perez, Jr.）在場見證。
外交部表示，協定顯現雙方「化危機為轉機、化衝突為合作」決心，符合總統馬英九提出「南海和平倡議」主張「主權在我、擱置爭議、和平互惠、共同開發」精神與原則。
外交部說，協定強化雙方互利互惠與協調合作，實為「南海和平倡議」具體實踐。
外交部下午發布新聞稿表示，協定本文7條，將已執行的「避免使用暴力或不必要武力」（Avoiding theuse of violence or unnecessary force）、「建立緊急通報系統」（Establishment of an emergency notification system）及「建立迅速釋放機制」（Establishment of a prompt release mechanism）雙方重要共識納入規範。
外交部說，簽署協定後，隨即依協定第6條規定，5日召開第一次技術工作小組（TWG）會議，將「1小時前通報機制」及「3日內迅速釋放機制」等共識具體執行方式，以換函採認並納入協定規範。雙方同意前述協定及換函等各自完成國內行政程序後，再適時對外發布。
外交部表示，協定生效後，雙方執法時將避免使用暴力或不必要的武力；在專屬經濟海域重疊區域內，雙方對可能非法捕魚的另一國籍漁船執法前1小時，將先通報彼此漁政及海巡機關與駐外館處；如果漁船確定違法而遭逮捕，漁船應在提出適當保證書或其他擔保，或支付符合逮捕方法律罰鍰後，3日內被釋放。
相關措施可有效降低兩國在雙方專屬經濟海域重疊區域漁業糾紛，保障台灣漁民合法捕魚權益。
外交部表示，台菲雙方自民國102年「廣大興28號漁船」事件後，展開3次漁業會談及多次非正式協商，共同研議建立兩國專屬經濟海域重疊區域執法規範，進而有效解決台菲間漁業糾紛。
外交部表示，將協同行政院農業委員會漁業署及行政院海岸巡防署與菲律賓有關單位，持續透過依協定建立的合作機制諮商，共同促進台菲專屬經濟海域重疊區域漁業秩序的和平穩定。台菲雙方未來將持續秉持和平協商原則，共同增進兩國友好合作關係。