民進黨主席暨總統參選人蔡英文今年出席國慶大典，引發關注，尤其是民進黨發言人鄭運鵬說，民進黨都一直捍衛中華民國的存在；在馬習會後，藍營再度在此事上大做文章。前藍委邱毅指出，2004年520總統就職典禮中，民進黨支持者是怎麼糟蹋中華民國的國旗，把中華民國國旗像垃圾一樣的丟棄。
國民黨立法院黨團12日召開「國父生日的三個願望」記者會，受邀出席的邱毅說，蔡英文在選的是中華民國總統，但她說中華民國是流亡政府。他指出，蔡英文是台大法律系畢業的，在英國倫敦政經學院拿到法學博士，在美國康乃爾大學拿到法學碩士，應該很了解什麼叫流亡政府。
什麼叫流亡政府？邱毅說，流亡政府沒有土地、人民，不能執行法律權力，只是一個臨時性政治組織，「我請問蔡英文天天講民意，流亡政府怎麼會有民意呢？」蔡英文要選中華民國總統，但流亡政府怎麼選總統？「蔡英文在選什麼碗糕！」
他指出，國父最難過的應該是他一手創建的中華民國，竟然會被蔡糟蹋成流亡政府、臨時性政治組織。邱毅批評，蔡英文是學法律專業的，會不懂什麼叫流亡政府嗎？她明明知道什麼叫流亡政府，她還硬是要汙衊中華民國是流亡政府，她是怎麼糟蹋中華民國的、糟蹋國父的！
邱毅說，更不要臉的是，一邊糟蹋中華民國，一邊要選中華民國總統，然後一邊嘴巴到處講，她背後是主流民意，但沒有人民哪來民意呢？臨時政府怎麼選總統呢？這樣的一個人今天口口聲聲說要捍衛中華民國主權，你信嗎？
邱毅表示，要請蔡英文明明白白地說明，當時說中華民國是流亡政府是口誤，還是昨非今是？那時候講錯啦！要改過來！「還是根本心中就認為中華民國是臨時政府，只不過她認為中華民國還有點剩餘價值，可以讓她借殼搞台獨、搞兩國論，蔡英文不說清楚這個，在中選會登記總統候選人的時候，她怎麼有臉去登記呢？」她登記的欄子裡面，要選的叫做中華民國總統，流亡政府哪有選總統這回事啊！
「所以我要求蔡英文，公開說明中華民國是不是流亡政府，如果是，蔡英文就退選！如果不是，妳就承認過去錯了，道歉！」