台灣國內菇類以香菇、木耳及金針菇為大宗，另外還有杏鮑菇、秀珍菇、鴻喜菇及珊瑚菇等新興菇類，年產值約新台幣133億，佔蔬菜總產值733億元的18%。
由於菇蕈類與一般作物的生產方式不同，屬大型真菌，易受環境及長期繁殖影響，發生變異及弱化，影響產量及品質。根據農糧署的統計，台灣國內的太空包香菇每萬包產量由2005年的256公斤逐年下降至去年的214公斤，產能逐漸遞減，其他菇類像是杏鮑菇、金針菇、洋菇也有同樣困擾，「台灣菇類菌種產發研究中心」6日正式揭牌運作，就是希望能夠藉由新菌種的研發，讓台灣菇類市場不致遭進口菇類搶占。種苗改良場長楊佐琦說：『(原音)目的是供應優質的菌種，讓產量更高。有一個東西重覆在用，它會退化掉，如果沒有重新更新，做好的菌種，香菇就會愈來愈小朵，產量就會不如以前，剩下7、8成，因此必須重新恢復。』
「台灣菇類菌種產發研究中心」是農委會輔導農會轉型投資菌種中心的第一步，未來等技術成熟、進入量產階段，將再擴大籌設菌種栽培場，並規劃開放菇農入股共同投資成立公司，專業經營菌種供應。農委會認為優質菌種可促進產量及品質提升，未來完成量產後，產量至少提升2成，年產值可增加26億元以上。