主辦單位金門縣政府表示，去年金門馬拉松競賽一開放報名，網路僅開放47分鐘，3個提前報名的組別包括全程、半程、11公里路跑名額立刻爆滿，成為為兩岸跑者及媒體的話題。
明年金門馬拉松同樣限額5000名，全程2500名、半程1800名、11公里700名，縣府相信勢必也將造成秒殺與搶報名狀況，因此提醒有意參賽者，先記好必填相關資料，檢查電腦及網路系統，在報名當天上午8時，一開放即上「2016金門馬拉松」官網，將資料填好，快速發送出去。
縣府表示，如未報上競賽組者，也在路跑當天清晨，6時在現場領取紀念品及號碼布，參加5公里休閒組路跑。