為因應既有園區事業專用區內高科技廠之發展需求，南部科學園區管理局辦理環評變更，提出用水增量5萬CMD及用電增量70萬kW。南科管理局特強調指出，這次環評變更作業並無涉及面積擴建，亦無引進新的產業類型。
南科管理局指出，這次變更所增加用水及用電量，均已獲得水利單位及台電公司審查同意，其中每日增加5萬CMD用水部分，短中期將暫時移用嘉南農田水利會所節餘之農業用水，長期將規劃使用永康再生水、園區再生水及水利署規劃之台南海淡水。至於園區用電增量70萬kW部份，後續之節電作為除持續輔導廠商進行節電及鼓勵廠商認購綠電，並支持再生能源之發展。
關於空污VOC及重金屬的部分，南科管理局指出，台南園區歷年於區內、外測點進行空氣中重金屬濃度監測，測值範圍與環保署全國性調查測值範圍並無顯著差異，且均符合歐盟參考標準值。園區98年所進行之風險評估結果顯示砷的風險值屬可接受風險。
南科管理局指出，園區VOC排放量皆符合固定汙染源空氣污染物排放標準及原環評書件核定量之內，且要求園區廠商使用清潔燃料，採行BACT處理VOC。VOC及重金屬皆納入園區每5年進行之健康風險追蹤項目之內。
南科管理局指出，目前本案環差變更已依法定程序送環保署審議中，南科管理局將遵照環差變更會議審核意見，據以檢討補正，以兼顧產業發展及環境保護之需要。