台鐵與高鐵的中秋節連續假期疏運計畫，因為颱風杜鵑來襲被迫打亂，雙鐵部分車站短時間湧入大量人潮，場面混亂，民眾抱怨聲不斷。
交通部長陳建宇29日公開向旅客表達歉意，同時召集所屬運輸機關開會檢討，重新擬定新的緊急應變作業流程，未來一旦氣象局發布陸上颱風警報，交通部就會同步宣布應變啟動計畫並對外加強宣導。交通部次長曾大仁說：『(原音)海警發布的時候，我們就會要求相關疏運機關、疏運單位，要完整整備的作業，我們並不發布，但是我們要完成整備跟確認它的疏運計畫，等到一旦陸警發布的時候，我們就會正式對外發布，包括時間跟所謂萬一需要停班、停駛的時候，我們會在那個時間做一個宣布。』
疏運期間因應民眾臨時湧現壓力，交通部也會協調替代交通工具，依高鐵、台鐵、公路(國道客運)等順序，跨系統相互支援，讓民眾能安全、快速啟動旅程。民眾若因為颱風來襲無法搭乘台鐵或高鐵，原則上都可在一年內辦理退票或換票。
交通部表示，未來如果再有連續假期遇上颱風的狀況，交通部一定會有更好的應變準備，但在特殊情況下，民眾難免面臨比較緊張的搭車環境和條件，希望大家能體諒。