航政規費及罰鍰繳納目前僅有臨櫃繳費(現金、匯票、支票)及e政府平臺線上繳費等2種方式，航港局為便利民眾繳納，將自104年10月1日起增加超商繳費、各金融機構及郵局匯款(不含郵政劃撥)、自動櫃員機轉帳繳費等3種，民眾可依自身需求選擇合適方式，惟上述多元繳納管道如代收機構需收取手續費，需由繳納人負擔。另外便利超商僅能代收金額2萬以下之航政規費及罰鍰，超過2萬元者需採臨櫃繳費、e政府平臺線上繳費、各金融機構及郵局匯款、自動櫃員機轉帳等方式。
多元繳費管道新措施將於104年9月15日至30日，於「航港單一窗口作業及服務平臺」進行宣導，歡迎航商及民眾點閱瀏覽。