吳偉臺指出，國際間關於租稅協議的簽訂，主要目的在於合理分配簽約國間的課稅權，避免對同一筆所得重複課稅；以目前兩岸經貿往來頻繁程度，加上兩岸跨境及國際課稅的建制逐步成熟，赴陸台商家數及營運規模仍有增長趨勢，若無消除重複課稅的機制，將大幅增加稅務風險，因此兩岸租稅協議確有必要。
會計師段士良則指出，透過租稅協議中的雙邊預先訂價與雙邊協商機制，可以阻絕台灣或中國大陸單邊認定營業利潤問題，企業可以合理的利潤分配並繳稅，對台商來說可避免遭雙重課稅。
此外，透過第三地間接投資中國大陸的台商，若實際管理處所在台灣，其在大陸的投資所得也需課稅，因此可讓台灣課稅權延伸到第三地，也利台灣稅收。
針對社運團體質疑，兩岸租稅協議簽署後，台幹反而可能因為未申報台灣母公司的薪資，遭大陸稅局認定逃漏稅。段士良回應，兩岸租稅協議對個人居住者的身份，是按永久居所、主要利益中心所在地、經常居所等依序決定，派駐大陸的台幹，其永久居所、主要利益中心皆在台灣，依目前稽徵實務，台灣稅局傾向其在台領取的薪資為台灣來源所得，大陸稅局僅能就該台幹在大陸取得的所得課稅，可避免台幹遭重複課稅。